Fungsional Pemeriksa Pajak adalah pejabat yang berwenang untuk melakukan pengujian kepatuhan perpajakan dan/atau penegakan hukum perpajakan. Dalam melakukan kegiatan pengujian kepatuhan perpajakan terdapat tindakan pemeriksaan pajak yang dilengkapi dengan tindakan analisis untuk kepentingan perpajakan.Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh pengawasan terhadap kinerja fungsional pemeriksa pajak apakah berdampak positif pada Kantor Wilayah DJP Papua, Papua Barat, dan Maluku. Populasi pada penelitian ini adalah seluruh pejabat fungsional pemeriksa pajak yang bertugas dengan jumlah sebanyak 8 orang.Variabel bebas dari penelitian ini adalah pengawasan dan variable terikat adalah kinerja fungsional pemeriksa pajak. Pengumpulan data menggunakan metode kuesioner dan dokumentasi. Metode analisis yang digunakan pada penelitian ini adalah uji validitas produk momen, uji realibilitas Cronbach’s Alpha, analisis regresi linier Seder Hana, koefisien korelasi dan determinasi, serta pengujian hipotesis.Hasil penelitian dapat disimpulkan sebagai berikut: 1) Instrumen pernyataan pada kuesionar variabel Pengawasan (X) dan Kinerja (Y) telah teruji secara validitas dengan produk momen dan realibilitas dengan Cronbach’s Alpha 2) Persamaan hasil analisis regresi adalah Y=3,11 + 0,65x yang dapat diartikan pengawasan berdampak positif terhadap kinerja. 3) Koefisien korelasi sebesar 0,933 yang mengindikasikan terdapat hubungan kuat yang positif antara pengawasan dan kinerja fungsional pemeriksa pajak Kantor Wilayah DJP Papua, Papua Barat, dan Maluku serta diperoleh nilai koefisien determinasi sebesar 0,871 yang artinya dampak dari pengawasan terhadap kinerja fungsional pemeriksa pajak dapat dijelaskan sebesar 85% dan 15% merupakan faktor lainnya. 4) H1 Pengawasan memiliki pengaruh positif terhadap kinerja Fungsional Pemeriksa Pajak pada Kantor Wilayah DJP Papua, Papua Barat, dan Maluku diterima.