Salah satu instrumen untuk mengevaluasi kinerja satuan kerja pemerintah pusat (satker) adalah indikator kualitas pelaksanaan anggaran. Satker dapat menganalisis varians anggaran belanja, yaitu selisih antara anggaran dalam dokumen Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) dan realisasi belanja pada Laporan Realisasi Anggaran Satker, untuk mengevaluasi kinerja pelaksanaan anggarannya. Penelitian kualitatif dengan pendekatan studi kasus ini bertujuan untuk menganalisis varians anggaran belanja dan korelasinya dengan penilaian kinerja di Satker KPP Pratama Lamongan. Hasil penelitian menunjukkan tingkat penyerapan anggaran sebesar 96,09% dari total anggaran dengan varians sebesar Rp293.598.348 atau setara dengan 3,91% dari total anggaran. Penyerapan anggaran tersebut mendorong tercapainya target output dan Indikator Kinerja Utama (IKU) yang berdampak pada tercapainya kinerja satker melebihi target kinerja dengan Nilai Kinerja Organisasi (NKO) sebesar 109,93%. Studi merekomendasikan agar satker tetap meninjau kembali perihal pendistribusian anggaran belanja agar dialokasikan pada pos anggaran yang tepat sehingga kualitas belanja yang dilaksanakan menjadi lebih baik. Selain itu, penyusunan anggaran satker juga harus memenuhi kriteria Arsitektur dan Informasi Kinerja (ADIK) untuk mendukung proses pencapaian kinerja satker.