Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui penerapan sistem pengendalian intern persediaan obat di Apoek Prima Sehat Jatisari Bekasi menurut teori sistem pengendalian intern yang ada. Metode yang dipakai dalam penelitian ini adalah metode perpetual dan juga metode FIFO (Fisrt In Fisrt Out) digunakan untuk mengurangi resiko kadaluarsa obat. Data yang dikumpulkan dilakukan dengan metode wawancara secara langsung dan juga observasi. Kepada pemilik Apotek sekaligus Apoteker di Apotek Prima Sehat dan Asisten Apoteker (AA), tentang masalah pengendalian intern persediaan di Apotek Prima Sehat Jatisari Bekasi. Meted yang digunakan pada penelitian ini adalah meted deskriptif kualitatif. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa Apotek Prima Sehat Jatisari Bekasi menerapkan unsur pengendalian intern, namun terdapat beberapa prosedur yang belum memenuhi standar unsur pengendalian intern bedasarkan teori. Struktur organisasi di Apotek Prima Sehat Jatisari Bekasi sebaiknya sesuai dengan bagian masing-masing, sehingga jika terjadi kesalahan bisa lebih cepat terdeteksi. Serta merubah sistem pencatatan yang ada ke sistem komputerisasi agar memaksimalkan keakuratan data dan juga efisiensi waktu, mengurangi kesalahan dalam penyajian laporan. Selain itu pemilik Apotek harus membuatkan masing-masing karyawan ID password untuk keamanan sistem supaya tidak disalah gunakan satu dengan yang lainnya.