E-Performance adalah aplikasi sistem akuntabilitas kinerja yang bertujuan untuk memudahkan proses pemantauan dan pengendalian kinerja dalam rangka meningkatkan akuntabilitas dan kinerja unit kerja di lingkungan Lembaga Sandi Negara. Tujuan dibuatnya karya ilmiah ini adalah untuk mengetahui tentang penilaian kineja pegawai pada Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea dan Cukai Tipe Madya Cukai Kudus menggunakan aplikasi E-Performance Kementerian Keuangan. Metode yang digunakan adalah metode kualitatif yaitu dengan melakukan pengumpulan data melalui observasi, wawancaraii dan studi pustaka. Dari hasil analisis menunjukan bahwa penilaian kinerja pegawai di Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea dan Cukai Tipe Madya Cukai Kudus sudah cukup baik. Namun ada beberapa kendala atau masalah dalam penilaian kinerja pada aplikasi E- Performance seperti kurangnya kesadaran pegawai dalam perekaman kinerja dan capaian kinerja dan sistem penilaian dengan mengurutkan komponen penilai yang dirasa kurang efektif. Disarankan kepadaa pengelola kinerja pada Kantor Pengawasan dan Pelayanann Bea dan Cukai Tipe Madya Cukai Kudus memberikan sosialisasi kepada pegawai terkait perekaman kinerja dan input capaian kinerja serta mengubah sistem penilaian perilaku dengan memberikan angka.