Kekuasaan kehakiman merupakan kekuasaan yang merdeka untuk menyelenggarakan peradilan guna menegakkan hukum dan keadilan. Pengadilan Pajak Republik Indonesia merupakan salah satu pelaksana kekuasaan kehakiman di bawah Mahkamah Agung Republik Indonesia. Dalam Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak, Pengadilan Pajak secara teknis berada di bawah Mahkamah Agung sedangkan secara organisasi dan keuangan berada di bawah Kementerian Keuangan. Dengan posisi Pengadilan Pajak yang demikian tersebut, Pengadilan Pajak harus melaksanakan kekuasaan yang merdeka untuk menyelenggarakan peradilan guna menegakkan hukum dan keadilan di bidang sengketa pajak. Kemandirian Hakim di Pengadilan Pajak Republik Indonesia merupakan kata kunci agar dapat mewujudkan kekuasaan kehakiman yang merdeka di bidang sengketa pajak